Jean-Jacques de Marguerye est notoirement connu comme étant le seul Doge à avoir pu reconduire son mandat jusqu'à la fin de sa vie. Il prend ses fonctions en mars 1566.
Dès son arrivée, il s'affiche tout de suite comme un anti-catholique notoire, en offrant de l'argent à quiconque dénoncerait un prêtre ou un évêque pour des paroles ou des actes anti-Républicains. Dans le même temps, il lance une loi qui fait relever le blasphème d'un délit.
Dans le but d'augmenter ses richesses et les revenus des colonies, il monte tout un système de convoi naval pour les marchandises et les hommes, ce qui permet de lutter efficacement contre les pirates et les corsaires. Et afin de financer la politique de colonisation, il parvient à persuader les Nobles de France de lui faire un don au trésor national, dans leur intérêt bien sûr, ce qui permettra une large action outre-atlantique.
Dans le même mois, l'Empereur autrichien meurt, et Jean-Jacques de Marguerye impose à ses électeurs vassaux du Saint Empire romain germanique de voter en faveur de Byzance, qui n'est constitué que de quelques provinces en Grèce, qui plus est fort éloignées de l'Europe centrale. C'est ainsi que Ioannes XI accède au trône de la confédération, alors que sa puissance est dérisoire. En cas de guerre, il lui sera facile d'écraser les Byzantins s'ils venaient à en découdre.
La mort du monarque autrichien engendrera des troubles religieux dans son territoire, preuve de l'efficacité de la stratégie Vibien, tandis que dans le même temps, les États devenus complètement protestants entretiennent de meilleures relations avec la France, qui était restée isolée diplomatiquement durant de nombreuses décennies.
Cette politique de déstabilisation des grandes puissances étrangères, Jean-Jacques de Marguerye la poursuit contre le Portugal, lorsqu'il lui déclare la guerre le 24 mai 1569. Mais l'appropriation des îles des Antilles, colonisées récemment par les Portugais, n'est pas étrangère à cette décision.
La guerre sera facilement pliée. D'abord contre l'Angleterre : en un an, le traité de paix est signé, et l'Angleterre devra libérer plusieurs nations déjà protestantes, dans le but que l'Angleterre continue ses guerres internes de religion, et poursuive sa politique de conversion auprès des autres provinces catholiques. Deux ans plus tard, le Portugal s'affaisse à son tour, et doit également se convertir à la Réforme.
C'est le début des guerres de colonisation. Depuis cette guerre pour les Antilles, la France n'aura de cesse d'empêcher les autres nations de d'implanter dans les îles ou les territoires du nouveau monde, ou de s'accaparer leurs terres.
Fin politique, de Marguerye parviendra à se faire réélire en 1570, 1574, 1578, 1582 et encore plus tard malgré les nombreuses guerres qu'il engendrera et ses ennemis qui feront tout pour limiter ses réformes de centralisation et libérales. Il portera même la guerre contre l'Empereur byzantin jusqu'en Grèce et les toundras de l'est. Une guerre plutôt facile eu égard à la différence énorme de technologie (armes à feu contre lances).
Le Doge ne sera pas sévère d'ailleurs avec Byzance, puisqu'il refusera même d'anéantir son armée et de lui imposer des conditions lourdes, se contentant de lui demander une conversion au protestantisme. Ceci très certainement dans le but de garder un rempart fort à l'est contre les Ottomans musulmans.
Il est d'ailleurs impressionnant de constater à quel point le Catholicisme a peu à peu disparu dans l'Europe de la Renaissance, uniquement par la force et la volonté de la France protestante. Vers la fin du XVIe siècle, les provinces encore catholiques s'amenuisent de plus en plus.
La puissance et le rayonnement français n'ont été possible que grâce au maintien au pouvoir de Marguerye et de ses nombreuses réformes, militaires d'abord grâce à la modernisation toujours plus poussée des armées et de la marine, de la conservation et l'agrandissement de ses forces sur terre comme sur mer, des réformes monétaires pour une économie stable, de la construction de nombreux édifices publics et économiques, par le soutien de la médecine, en favorisant la tolérance avec les païens et les hérétiques, en investissant toujours plus dans les centres de commerce, et bien sûr du vol des richesses des pays vaincus.
Sous l'impulsion du Doge de Marguerye, la France étend chaque fois ses frontières grâce à son intransigeance sur les querelles de frontière, annexant ou vassalisant ses ennemis. Castille perdra du terrain en péninsule ibérique, ainsi que la Suisse dans les Alpes, l'Angleterre et l'Écosse en Albion. Il leur volera par la même occasion à nombre d'entre eux des colonies dans le Nouveau Monde.
Plus loin encore, il étendra l'influence de la France jusqu'en Inde, dans le but avoué de pouvoir prendre pied sur cette vaste terre, riche en population et en denrées de grande valeur.
En 1597, il parvient à trouver un casus belli d'ingérence contre l'une des nations indiennes, Bihar. Voilà enfin l'occasion tant espérée et de Marguerye y foncera tête baissée afin de repousser la Terra incognita de la région.
Il monte donc une expédition à la fin de l'année, avec le gros de sa flotte, qui embarquera une armée de 15 000 hommes menée par le général Nicolas Henri de Rochemaure, et qui passera par la pointe sud de l'Afrique avant de débarquer sur les côtes d'un allié local.
La guerre contre Bihar sera de très courte durée : une seule bataille décidera du sort des Indiens, dans laquelle de Rochemaure ne perdra que 135 hommes, contre près de 20 000 chez ses ennemis !
Cette guerre contre une puissance moyenne permettra de mieux connaître le territoire de l'Inde, et de se forger des alliés locaux comme avant-poste pour de futures invasions, en demandant à Bihar de relâcher des nations. D'ailleurs, la France n'annexera qu'un seul territoire afin d'y conserver son armée, le temps de reprendre ses conquêtes.
Le traité de paix est signé le 2 mars 1600. Mais le 30 avril, une guerre sainte est déclarée contre le Rajpoutana, la plus grande nation d'Inde.
Les autres nations limitrophes du Rajpoutana, qui est détesté, suivent la France, qui profitera de la guerre pour se tailler la part du lion et pousser toujours plus loin ses connaissances géographiques de la région.
Le 8 août 1603, le traité de paix est signé, et la France s'accapare cinq provinces côtières, très riches, avec un centre de commerce. Parallèlement, le petit bout de province initialement annexé à Bihar se retrouve aux mains des indépendantistes, et de Marguerye n'hésite pas à la vendre à un voisin pour petite somme.
Les nouveaux territoires acquis par la force lui permettent ainsi de créer la Compagnie des Indes orientales, qui permet à la France de tirer de substantiels profits dans le commerce, et même de s'accaparer une très grande part, voire un quasi-monopole, dans de très nombreuses denrées.
Avec l'annexion des provinces indiennes, les années 1603-1604 marquent le faîte de la puissance de de Marguerye. Réélu neuf fois à la fonction suprême de Doge, et après 38 ans de pouvoir, il ne connaît plus aucun adversaire politique, plus personne n'ose contester son autorité. Les armées françaises sont victorieuses partout et ne souffrent aucune défaite. LEs documents montrent qu'à cette époque, la France contrôlait 40 % de la production mondiale des étoffes et du vin, 60 % pour le café, 75 % pour le coton, 85 % pour le tabac, et la totalité pour le sucre ! Les revenus dégagés sont colossaux. Les revenus annuels suffiraient à entretenir la moitié des pays européens.
À son plein apogée, pétri d'orgueil et d'ambition de Marguerye prépare un important coup de force pendant l'année 1603. On pense que c'est parce que l'Empereur germanique est de plus en plus souffrant, et sur le point de mourir, que le Doge passe à l'action. C'est alors le coup d'État : le 4 janvier 1604, à la tête de quelques fidèles lieutenants, il s'empare du Conseil des Nobles et destitue celui-ci officiellement. Ses membres sont bannis de la métropole, et on leur réserve une retraite dorée dans des colonies ensoleillées. Jean-Jacques de Marguerye prend le titre de Roi, et proclamera à l'occasion de son couronnement, le même jour, la célèbre phrase "L'État c'est moi". La France redevient une monarchie, mais cette fois-ci elle sera une monarchie absolue. C'est la Restauration.
Le changement de régime semble convenir à tout le monde, puisqu'aucune résistance ne se manifeste. Mais un problème subsiste : de Marguerye n'a pas de fils, et un Roi se doit d'avoir un héritier légitime. Heureusement pour lui, Philippe, dit Philippe d'Anjou, naîtra en 1606.
Afin d'asseoir davantage son pouvoir, le Roi continue ses guerres de conquête et la déstabilisation de ses concurrents européens, bien qu'en réalité la France ne souffre d'aucun rival. Il poursuit ainsi, dans un premier temps, son expansion du Nouveau Monde, en s'accaparant toujours davantage les colonies étrangères, en envoyant des expéditions de colonisation, et en annexant de larges provinces sur les territoires des indigènes.
En 1612, après finalement huit années d'agonie, l'Empereur autrichien Joseph Ier meurt. Les électeurs, dont quatre membres sur six sont vassaux de la couronne de France, votent pour élire de Marguerye. Son rêve se réalise enfin : Roi de France et Empereur du Saint Empire.
C'est alors l'accélération de la stratégie Vibien : usant de son immense pouvoir, de Marguerye impose l'unité religieuse avec les derniers rétifs du Saint Empire, bien que certains tentent de lui résister malgré tout.
Asseyant son autorité, la France tente de faire passer une réforme impériale, la Reichsreform, le 9 décembre 1613. Mais celle-ci échoue devant l'obstination de nombreux États germanique, qui ont peur de la France hégémonique. Le prestige de De Marguerye en prend un coup, lui que l'on pensait invincible et capable de tout imposer. C'est le premier signe de fatigue d'un homme qui devient terriblement vieux, et ayant passé trop de temps au pouvoir.
Ses forces déclinent depuis lors et les Nobles de France profitent de son état de faiblesse pour se renforcer. Puis, le 19 janvier 1620, Jean-Jacques de Marguerye meurt après une longue agonie, âgé de 85 ans et après 54 ans de pouvoir absolu. Son fils Philippe, ayant seulement 14 ans, devient le nouvel empereur germanique et futur Roi de France.